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貝瑞和康牽手阿里云 云計(jì)算成基因檢測“寵兒”

2015-08-20 09:34:14   作者:   來源:南方都市報(bào)   評論:0  點(diǎn)擊:


  云計(jì)算正在成為生物醫(yī)學(xué)界的“寵兒”。近日,北京貝瑞和康生物技術(shù)有限公司(下稱“貝瑞和康”)與阿里云共同向外界宣布雙方達(dá)成合作,共同打造以海量的中國人群基因組數(shù)據(jù)為核心的數(shù)據(jù)云,實(shí)現(xiàn)對個(gè)人基因組數(shù)據(jù)的精準(zhǔn)解讀。

  兩巨頭合力欲建國人基因組大數(shù)據(jù)

  “打造基因組大數(shù)據(jù),相當(dāng)于建立了一個(gè)中國人基因版的《本草綱目》,將記載中國人群最核心的基因信息、生命信息,為中國人群重大疾病的預(yù)測、預(yù)防、診斷和治療奠定基礎(chǔ)。它的意義將不亞于《本草綱目》這部東方醫(yī)藥巨典。”貝瑞和康首席生物信息官于福利博士說。

  中國是世界出生缺陷率最高發(fā)地區(qū)之一。每年1600萬至2000萬的出生人口中,有80萬至120萬出生缺陷兒。1996年到2010年,中國新生兒出生缺陷發(fā)生率增幅達(dá)70 。9%。這一不利的局面將隨著“神州基因組數(shù)據(jù)云”項(xiàng)目的實(shí)現(xiàn)得到改觀。據(jù)了解,貝瑞和康自主構(gòu)建的中國人群基因組大數(shù)據(jù)庫目前已包含超過四十萬份基因組數(shù)據(jù)。通過對該數(shù)據(jù)資源的深入挖掘,能夠進(jìn)一步揭示中國人群遺傳突變分布,這將極大助益于提升中國人遺傳疾病診斷的效率和精準(zhǔn)程度。

  貝瑞和康CEO周代星告訴南都記者,一個(gè)人有300多萬個(gè)位點(diǎn)突變,這些突變哪些是有意義的,哪些是沒有意義的,中國截至目前還沒有這樣詳細(xì)的圖譜。而貝瑞和康與阿里云合作,就是希望建立中國人易感位點(diǎn)的數(shù)據(jù)庫。而一旦這一數(shù)據(jù)庫建成,這對于7000多種臨床疾病的解讀將有積極意義。

  牽手背后是基因云計(jì)算熱

  據(jù)南都記者了解,新一代基因測序技術(shù)要得到比較準(zhǔn)確的信息,一般認(rèn)為30X的基因測序深度是必須的,所以一個(gè)人的基因組檢測大約需要產(chǎn)生90G b的數(shù)據(jù)。如此大的數(shù)據(jù),在一般的電腦或小型服務(wù)器上運(yùn)行起來非常困難。

  而要對40萬個(gè)樣本進(jìn)行計(jì)算,這對計(jì)算能力要有非常高的要求,而阿里云正好能提供這樣的計(jì)算和分析能力。

  阿里云高級專家林河山在接受南都記者采訪時(shí)表示:雙方合作第一階段主要是提供存儲、計(jì)算資源、方便使用;第二個(gè)階段,在協(xié)商一致的情況下,可能會探討利用大數(shù)據(jù)展開合作,讓數(shù)據(jù)工具與醫(yī)療相結(jié)合。林河山稱,阿里大數(shù)據(jù)方面已經(jīng)通過天貓醫(yī)藥館和阿里健康有了較好的積累,將有助于雙方第二階段合作。

  “云計(jì)算介入基因檢測有著巨大的潛力,以美國為例,就已經(jīng)有比較成功的先例。比如谷歌旗下的DNANEXUS以及七橋基因公司等在云上提供生物信息服務(wù)的公司。”林河山如是說。

  至于項(xiàng)目商業(yè)化路徑,貝瑞和康CEO周代星坦言,目前主要是針對醫(yī)療機(jī)構(gòu)。據(jù)他透露,國內(nèi)有20多家醫(yī)院已經(jīng)被批準(zhǔn)可以做遺傳基因的檢測,而檢測需要更好的解讀,這就是“神州基因組數(shù)據(jù)云項(xiàng)目”較為顯而易見的價(jià)值所在。

  業(yè)內(nèi)人士指出,隨著下一代基因測序、生物質(zhì)譜和醫(yī)學(xué)成像等醫(yī)學(xué)技術(shù)的迅猛發(fā)展,大數(shù)據(jù)浪潮將根本性的改變生物醫(yī)學(xué)基礎(chǔ)研究和醫(yī)療實(shí)踐。

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